Antiguo Cuscatlán es una ciudad joven de antiguo origen. En 1550 su población se estimaba en unos 1,550 indios. En 1740, según el alcalde mayor de San Salvador, don Manuel de Gálvez Corral, contaba con 43 indios tributarios o jefes de familia (unas 215 personas) productores de maíz, gallinas, algodón y trigo.

Según datos del arzobispo don Pedro Cortez y Larraz, en 1770 el pueblo era anexo de la parroquia de San Jacinto y su población estaba representada por 76 personas indígenas, distribuidas en 19 familias; y 115 ladinos repartidos en 25 familias.

En 1786 ingresó al partido de San Salvador.

A finales del siglo XVIII el pueblo casi se había extinguido; y en 1807, según el corregidor intendente, don Antonio Gutiérrez de Ulloa, “era un pueblo casi destruido, con sólo 14 indios y 35 ladinos”.

El municipio de Cuscatlàn se incorporó al departamento de San Salvador el 12 de junio de 1824; y así permaneció hasta el 28 de enero de 1835, cuando quedó incluido en el Distrito Federal. Pero el 30 de julio de 1839 volvió a ser municipio del departamento de San Salvador.

Por aquella época los vecinos de Antiguo Cuscatlàn se ocupaban en formar sus fincas de café, en pequeño y en grande, en vista del conocimiento que tenían de estos terrenos calificados como los más aptos para el cultivo de este fruto.

Por ley del 28 de enero de 1865 el municipio de Antiguo Cuscatlàn se segregó del departamento y distrito de San Salvador y se incorporó en el departamento de La Libertad y en el distrito de Nueva San Salvador.

Por Decreto Legislativo número 302, de fecha 30 de marzo de 1971, se le otorgó el título de villa; y el 19 de febrero de 1987, por nuevo Decreto Legislativo, el número 549, se le confirió el título de ciudad.